Il s’agit d’une compilation des questions fréquemment posées au sujet des organes internes segmentés (SIO) du Visible Human Male.
1 Est-ce la même chose que le Visible Human Project ?
Non, mais il est basé sur le Visible Human Project. Les images couleur originales du Visible Human Male ont été réduites en taille et alignées géométriquement avec les images CT par enregistrement 3D, ce qui a donné un volume d’images isotrope et multispectral. Lors d’une segmentation 3D ultérieure, les composants anatomiques ont été identifiés et marqués avec des étiquettes d’objets.
2 Quelle est la résolution du modèle 3D ?
Le facteur limitant est la taille des voxels, qui est de 1 mm x 1 mm x 1 mm. Les structures plus petites que cela ne peuvent être représentées que par de légères variations de couleur ou d’intensité CT.
3 Quelle est la précision de la segmentation ?
La segmentation a été réalisée à l’aide d’un classificateur avancé dans l’espace colorimétrique RVB, capable de localiser très précisément les contours des objets.
L’atlas VOXEL-MAN 3D-Navigator : organes internes basé sur ce modèle a reçu des critiques positives de la part de plusieurs anatomistes et radiologues experts indépendants.
4 Le modèle inclut-il les muscles ?
Oui, le modèle comprend presque tous les tissus musculaires du torse. Cependant, ils sont pour la plupart étiquetés comme « muscles non classés », seuls quelques muscles de la région abdominale sont explicitement étiquetés. Veuillez consulter la liste des objets.
5 Ce modèle comprend-il toutes les parties de l’atlas anatomique des organes internes ?
Les artères, les nerfs et les ganglions lymphatiques fins qui ne sont pas visibles sur les images en coupe transversale ont été modélisés à l’aide d’un éditeur de tubes et représentés sous forme de maillages de surface polygonaux. Ils ne font pas partie de ce modèle.
6 Comment puis-je obtenir le modèle 3D ?
Le modèle 3D est disponible gratuitement via Zenodo sous licence CC BY. Veuillez consulter la page Organes internes segmentés.
7 Comment le volume des étiquettes est-il organisé ?
Tout comme les données de couleur et de tomodensitométrie, le volume d’étiquettes se présente sous la forme d’une séquence d’images transversales numérotées. Les images de couleur, de tomodensitométrie et d’étiquettes portant le même numéro d’image représentent différentes propriétés des mêmes voxels.
Au lieu de couleurs ou de valeurs d’intensité, une image d’étiquette contient des étiquettes numériques d’objets. Chaque objet est représenté par au moins un numéro d’objet (par exemple, aorte ascendante 511, crosse aortique 512, aorte descendante 513, aorte abdominale 514). Chaque fois que vous trouvez un numéro d’objet, l’objet correspondant est présent. Une liste complète des numéros d’objets est disponible dans la liste des objets.
8 Pourquoi n’y a-t-il rien à voir sur les images des étiquettes ?
Il s’agit d’images TIFF 16 bits, que certains programmes ne peuvent pas afficher correctement. Les programmes capables de traiter ces données comprennent ImageJ (gratuit) ou Adobe Photoshop. Si l’image apparaît toujours entièrement noire, réglez respectivement les paramètres de luminosité/contraste ou de niveau/fenêtre.
9 Comment puis-je créer un ensemble de données volumétriques à partir de ces images ?
Les images doivent être empilées les unes sur les autres. Dans ImageJ, utilisez Fichier > Importer > Séquence d’images… pour créer trois volumes d’images à partir des images couleur, CT et étiquetées, respectivement.
10 S’agit-il d’un modèle de surface polygonale ?
Non, les données sont fournies sous forme de modèle voxel tridimensionnel. Si vous avez besoin d’un maillage polygonal, vous pouvez le créer vous-même à l’aide de méthodes telles que Marching Cubes.
11 Puis-je obtenir le modèle sous forme de fichier 3DS, FBX, STL, OBJ ou 3MF ?
Il s’agit de formats de fichiers utilisés pour la représentation de surfaces dans la conception assistée par ordinateur (CAO), les graphiques 3D, l’impression 3D et autres domaines similaires. Voir la question précédente.
12 Puis-je utiliser le SIO pour la simulation FEM ?
Bien sûr. Cependant, comme pour les modèles polygonaux, vous devez créer votre propre modèle d’éléments finis à partir du modèle voxel.
13 Cela me semble beaucoup trop technique. Comment puis-je utiliser ce modèle pour étudier l’anatomie humaine ?
L’atlas interactif d’anatomie et de radiologie VOXEL-MAN 3D Navigateur : organes internes est basé sur ce modèle 3D. Il est disponible en téléchargement gratuit sous licence Creative Commons.
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